Dans les premières semaines des hostilités, les CAMS effectuent des missions de protection rapprochées des nombreux transports de troupes qui amènent en France les unités nord-africaines au départ de Bizerte et de Bône.

Fin janvier 1940, une section de 2 CAMS 55-10 est mise en place dans le golfe de Bou Grara au sud de Djerba.

30 mars : le LV Durand effectue une liaison sur Malte.

1 avril : La dotation de l'escadrille est portée à 9 appareils.

10 juin : L'Italie déclare la guerre à la France.

11 juin : La BAN KAROUBA est violemment bombardée par la Regia Aeronautica. Les installations de la 4S1 ne sont pas touchées.

22 juin : Une patrouille de 2 CAMS est attaquée par un chasseur. Le 4S1-1 est contraint à un atterrissage forcé au cours duquel il capote et est détruit [ détail]

1 août : En application de la décision 1270 PMP/3 du 8 juin 1940, la 4S1 devient l'Escadrille 13 S.

30 août : La 13S est officiellement dissoute. Les CAMS sont mis à la destruction !