Le LV Mosneron Dupin, ancien de la 9F en Indochine et pilote d'essais de l'Alizé, prend le commandement de la Flottille à Hyères le 19 août 1961.

La "Tactique Julie" révolutionne la lutte ASM. Des bombettes explosives lancées sur un dispositif de bouées sonores permettent de pister et d'attaquer un sous-marin en plongée, même s'il est silencieux.

Le 1er janvier 1962, la 9F est la première flottille sur le CLEMENCEAU. Elle y reste embarquée jusqu'au 1er octobre de la même année.

29 janvier au 5 février : Participation comme porte-avions ASM à l'exercice OTAN Big Game, avec la 6ème flotte américaine (porte-avions Saratoga et Intrepid) en Méditerranée occidentale.
La mer devient très mauvaise, mais aucun des porte-avions ne veut être le premier à interrompre les opérations aériennes. Finalement, dans la nuit, un chasseur américain est détruit à l'appontage tandis que le commandant de la 9F casse son train avant. Les appareils encore en vol sont déroutés sur Hyères et Saint-Raphaël.
Le lendemain, toujours par très mauvais temps, le Cdt Mosneron Dupin décolle en roulant pour évacuer un matelot américain souffrant d'une péritonite, qui ne pouvait pas être opéré à bord, mais n'aurait pas supporté un catapultage.

[Récit du VA Mosneron Dupin]

9 mars au 2 avril : Participation à l'exercice OTAN Dawn Breeze VII, dans la zone de Gibraltar. Au cours de cet exercice, un Gannet de la Royal Navy vient apponter sur le Clémenceau pendant qu'un Alizé rend visite à l'HERMES.

4 mai au 11 juin : Participation à la croisière de printemps de l'escadre avec le Colbert, dix escorteurs et un pétrolier, en Atlantique, Manche et mer du Nord. Les Alizés partagent le pont avec des Aquilons. Escales à Brest (11-15 mai), Le Havre (18 mai), Rotterdam (22-26 mai), Hambourg (28 mai-1er juin).

L'escale de Hambourg soulève l'enthousiasme du public allemand. En effet, c'est la première fois que des unités navales non allemandes sont autorisées à s'approcher si près du Rideau de Fer. Juste avant que le porte-avions arrive à quai, la 9F est catapultée, car elle a été invitée par l'Aéronavale allemande sur le terrain de Schleswig-Jagel. Les 12 Alizés se présentent en une formation impeccable. Mais les Allemands ont voulu trop bien les accueillir en les recevant en français. Comme aucun contrôleur ne parle notre langue, le micro a été confié à un instituteur qui, lui, ne connaît rien au langage aéronautique et ne comprend pas l'anglais, seule langue utilisée par les aviateurs germaniques. Donc le contrôleur parle en anglais, un officier traduit en allemand et l'instituteur essaie de trouver des équivalents en français. Les choses se compliquent encore lorsque le contrôleur essaie d'expliquer que la proximité du Rideau de Fer impose que le break se fasse vers la droite, alors que la 9F se présente justement en échelon serré vers la droite. Certains équipages comprennent, d'autres pas, et il en résulte une belle pagaille où certains avions se croisent vraiment d'assez près. Heureusement, il n'y a pas d'accrochage. Le commandant de la Flottille monte au dessus de la mêlée, impose silence radio à tous et récupère à vue ses appareils pour en organiser l'atterrissage.
Les jours suivants, l'exercice LEOPARD oppose les Alizés aux vedettes rapides de la Bundesmarine. Leurs sillages permettent au radar de les détecter sans peine, mais leur maniabilité stupéfiante les rend difficiles à viser. En situation réelle, peu des roquettes dont les Alizés sont armés auraient touché leurs cibles.

 Août 1962 : exercice JASON puis RIP TIPE en Atlantique, avec les flottes américaines et britanniques. La flottille assure la protection ASM d'une task force menant une contre-attaque en Europe.
Comme lors de presque tous les exercices de ce genre, un sous-marin CERTSUB "inconnu" est détecté à proximité de la force. L'Alizé 9F 42 (LV Rochard, EV de Pouqueville, PM Boulé) dirige les hélicoptères qui reprennent le contact. Ensuite, il doit attendre que les porte-avions qui se sont déroutés reviennent à la route d'aviation et ramassent les réacteurs. Comme il était déjà en fin de patrouille lorsqu'il a trouvé le sous-marin, c'est avec une jauge de carburant à zéro qu'il finit par apponter.

Le 6 septembre 1962, c'est un Alizé de la 9F, piloté par le LV ROCHARD, qui est le premier appareil à apponter sur le FOCH.

6 oct 62 : exercice LINOIS : protection d'un convoi de Mers El Kebir à Toulon.

 Février 63 : Premiers exercices de guidage de strike par Alizé (avec les Corsair de la 14F).