Les principales missions de la 9F pendant les expérimentations nucléaires sont :

Les tirs sont effectués alternativement sur les îles de Muruora et Fangatofa. Lors de chaque explosion, des Vautours de l'Armée de l'Air partis de la base de Hao tirent dans le nuage en expansion des missiles qui effectuent des prélèvements de poussières projetées. Les têtes de missiles tombent ensuite dans la mer sous le nuage. Des hélicoptères Super-Frelons, qui ont été abrités dans des hangars souterrains pendant l'explosion, sont chargés de les ramasser à l'aide de chaluts. Ils sont alors très peu manœuvrants et n'ont qu'un délai limité pour pécher chacun un missile avant de replonger sous les abris de l'autre île.

Un Alizé est mis en vol avant l'explosion, équipé de caches pour les verrières et d'équipements de protection pour l'équipage. Il se plaçe le dos au point zéro, pour pouvoir "surfer" sur l'onde de choc. Immédiatement après le tir, sa mission est de venir sous le nuage pour relever la position des têtes de missiles, signalées par des balises radio et des tâches de fluoresceïne. Simultanément, il doit détecter au radar les hélicoptères pour les guider vers leurs objectifs, puis vers leurs abris. Enfin, il faut évidemment se dégager avant que la retombée des débris radioactifs.

Pour l'enregistrement des services aériens, cette mission est "assimilée au premier décollage d'un aéronef d'un type nouveau" avec attribution d'un coefficient de bonification 8.

Cette mission a été effectuée pour les onze tirs des campagnes de 1966 et 1968. Un seul équipage a reçu une dose de radiations suffisante pour entraîner son retour prématuré en Métropole.

Le 18 août 1968, le CA LEVESQUE, commandant le Centre d'Expérimentation du Pacifique, se fait transporter par un appareil de la 9F du Clémenceau jusqu'à l'île très isolée de TOTEGIE, sur laquelle un détachement de légionnaires vient d'aménager une piste d'atterrissage. Un légionnaire trop curieux actionne le dispositif de largage de la verrière. L'équipage n'ayant pas l'outillage nécessaire pour la remettre en place, le vol du retour (50 minutes) se fera cabine ouverte. Il faudra l'assistance de deux hommes du pont pour extraire l'amiral, frigorifié et sonné par le vent.